Водные животные по сравнению с наземными обладают рядом преиму­ществ для разведения. Поскольку плот­ность тела рыб и плавающих   ракообразных близка к плотности воды, они избавлены от необходимости тратить энергию на поддержание своего тела в пространстве и могут расходовать ее на рост. Кроме того, такие холодно­кровные животные, как рыбы и бес­позвоночные, не тратят энергию на терморегуляцию (исключением явля­ются тунцы и другие быстроплавающие рыбы). Эта особенность еще боль­ше увеличивает потенциальную ско­рость их роста, гораздо более пластич­ную, чем у высших позвоночных.

В работах советских ученых приво­дятся данные о том, что использование пищи на рост у карпа на единицу по­требленного корма происходит в 1,5 раза быстрее, чем у свиней и кур, и в 2 раза быстрее, чем у крупного рога­того скота или овец.

Прикрепленные беспозвоночные эко­номят энергию благодаря пассивному, но высокоэффективному методу фильт­рации корма.

Скорость фильтрации организмов варьирует, но у крупных здоровых уст­риц она может достигать 450 л воды в день.

Необходимо также учитывать, что водная среда позволяет выращивать организмы в трехмерном пространстве. Многие рекордные величины продук­тивности в аквакультуре были достиг­нуты путем использования в поликуль­туре рыб, населяющих разные слои воды, или путем подвешивания коллек­торов для моллюсков к плавучим уст­ройствам; оба метода позволяют пол­ностью использовать объем воды. Строго говоря, подобные методы при­меняются не только в аквакультуре. Известно совместное, или многоэтаж­ное, выращивание деревьев, кустарни­ков и низкорослых растений, но аквакультура — единственная область, где трехмерные выростные системы ис­пользуются в промышленном масш­табе.

Главным недостатком водной среды с точки зрения производства пищевых продуктов является то, что вода — уни­версальный растворитель. Этим опре­деляется сложность осуществления мер контроля и защиты от физическо­го и химического загрязнения водое­мов по сравнению с земной поверхно­стью. Случаи загрязнения воды, послу­жившие причиной гибели или возник­новения болезней водных организмов и их потребителей, хорошо известны, и описывать их нет необходимости.

Некоторые вещества, в основном продукты жизнедеятельности челове­ка и животных, могут быть использо­ваны в рыбоводстве; примеры исполь­зования сточных вод или навоза в ка­честве удобрений описаны ниже. Од­нако применение органических проду­ктов распада требует большой осторо­жности. То же самое относится и к ис­пользованию отработанных вод тепло-электростанций.

Другие загрязнения, например пес­тициды и тяжелые металлы, токсичны для морских организмов, тем не менее во многих водоемах они присутствуют во все возрастающем количестве. В пе­ренаселенных или промышленных районах, а также там, где в сельском хозяйстве используется большое коли­чество химикатов, загрязнения созда­ют исключительно серьезную пробле­му. Из этих районов химикаты могут быть разнесены водными течениями. В результате хозяйства, источником водоснабжения которых служат море, большое озеро или река, часто стал­киваются с проблемой загрязнения, которое не является результатом их деятельности и не поддается контролю. Хотя большинство рыбохозяиственных исследований в области аквакультуры направлено на поиск морских и соло­новатых водоемов, пригодных для мор­ской аквакультуры, авторы полагают, что пресноводная аквакультура   будет развиваться также быстро и при соот­ветствующей организации и правиль­ном выборе места расположения хозяй­ства проблема загрязнения пресновод­ных водоемов может быть решена.